Dũ Yên là giáo xứ có bề dày lịch sử trong giáo hạt Kỳ Anh. Trước đây, Dũ Yên là một họ đạo thuộc giáo xứ Dũ Lộc đã từng bị bách hại dưới chế độ phong kiến. Vào năm 1938, linh mục Gioan Baotixita Nguyễn Hồng Ân quản xứ Dũ Lộc và trong đó có họ đạo Dũ Yên đã trình lên bề trên Giáo phận nguyện vọng được tách họ đạo Dũ Yên thành giáo xứ. Ngày 7/10/1938, Đức Giám mục Anrê Lêô Giuse Bắc đã chuẩn y và bổ nhiệm linh mục Gioan Baotixita Nguyễn Hồng Ân làm quản xứ. Vào ngày đó cũng là ngày lễ Mẹ Mân Côi nên cha quản xứ đã nhận Mẹ Mân Côi làm quan thầy xứ, từ đó giáo xứ Dũ Yên đã hình thành.

Là xứ đạo nhưng số giáo dân Dũ Yên lúc thành lập xứ chỉ vọn vẹn 200 người với ngôi nhà nguyện hơn 100m2. Sau ngày lập xứ, cha Gioan Baotixita Nguyễn Hồng Ân lo mở rộng khuôn viên nhà thờ, nhà xứ. Mãi đến năm 1944, cha Phêrô Nguyễn Năng sau là Giám mục Giáo phận Vinh mới xây dựng ngôi nhà thờ đầu tiên. Năm 1973, cha Giuse Nguyễn Đăng Điền đã khởi công mở rộng ngôi thánh đường cho đến năm 1975 mới hoàn thành. Nhưng vì vật liệu khan hiếm, nhà thờ chỉ xây bằng vôi, đá hộc nên đã mau chóng xuống cấp. Năm 1988, cha Giuse Hồ Ngọc Bá lại khởi xướng xây dựng lại ngôi thánh đường mới, được khánh thành vào năm 1992 và sử dụng cho đến ngày nay.

Bảy mươi lăm năm phát triển và trưởng thành, đến nay, số giáo dân Dũ Yên đã hơn 2500, cùng với sự phát triển của khu kinh tế Vũng Áng. Hằng tuần, có nhiều cán bộ, công nhân, trong đó có cả khách quốc tế ở các công ty, xí nghiệp đến đây tham dự thánh lễ. Vào ngày Chúa Nhật, cha quản xứ phải dâng 3 thánh lễ nhưng sức chứa của nhà thờ cũng không đủ cho giáo dân tham dự. Hơn nữa, ngôi thánh đường cũng chỉ xây bằng vôi đá, mái bằng gỗ ngói, nên đã xuống cấp trầm trọng. Trước nhu cầu khẩn thiết đó, cha quản xứ Phanxicô Phan Khánh Dư cùng với cộng đoàn Dũ Yên đã trình lên Đức Giám mục giáo phận cùng chính quyền các cấp nguyện vọng xây dựng ngôi thánh đường mới và đã được chấp thuận.